Pada awal pencerobohan di Republik Bosnia dan Herzegovina pada tahun 1992, Komšić berkhidmat buat sementara waktu sebagai Kementerian Pertahanan sebagai sukarelawan dan menyertai sebuah pertubuhan kemanusiaan di Kiseljak.

Komšić menyertai Parti Pembaharuan Demokratik parti politik pada Mac 1991, meninggalkannya selepas bersama pengasas Inisiatif Baru Croatia pada 12 April 1993 dengan sekumpulan intelektual Croat, tidak lama sebelum peningkatan perang di Central Bosnia. parti ini dicipta dasar Croat alternatif di Bosnia dan Herzegovina, memilih untuk pemeliharaan bersatu Republik Bosnia dan Herzegovina dan kewujudan bersama Croat dengan negara-negara lain di seluruh Bosnia dan Herzegovina. Pada bulan November 1993, beliau menjadi ahli Republik Bosnia dan Herzegovina Presiden berdasarkan hasil tahun 1990 pilihan raya.

Beliau adalah seorang tokoh utama dalam pembentukan Persekutuan semasa Perang Bosnia dan rundingan yang membawa kepada akhir perang Bosnia dengan Dayton Accord.

Komšić mendakwa Croatian Democratic Union nasionalis Bosnia dan Herzegovina (HDZ BiH), parti politik terbesar Bosnia Croatia berasal dari Kesatuan Croatian Demokratik (HDZ), yang diasaskan oleh pemimpin Croatia Franjo Tuđman, membuat jalan ke Bosnia-Herzegovina pada 1990 melalui sistem paroki Gereja Katolik di Bosnia-Herzegovina. Komšić berpendapat bahawa biskop Katolik Bosnia dan paderi memungkinkan untuk HDZ untuk mendapatkan kemenangan pilihan raya di Bosnia-Herzegovina, walaupun ia adalah jelas bahawa matlamat parti itu adalah putus republik itu, dan integrasi ke dalam jiran Croatia.